Perang 30 tahun yang disusul oleh gempa bumi dan tsunami, Aceh mengalami banyak kesulitan pada masa itu dengan kehilangan segala-galanya. Semuanya dimulai dengan MOU Helsinki yang ditanda-tangani pada hari Senin tanggal 15 Agustus 2005 atas nama Pemerintah Republik Indonesia Hamid Awaluddin Menteri Hukum dan HAM, dan juga atas nama Pimpinan Gerakan Aceh Merdeka Malik Mahmud.
Setelah MoU Helsinki ditandatangani, dengan serta merta keadaan aman dan damai terwujud di Aceh. Berdasarkan point 1.2.1 MoU Helsinki yaitu: “Sesegera mungkin tidak lebih dari satu tahun sejak penandatanganan Nota Kesepahaman ini, Pemerintah RI menyepakati dan akan memfasilitasi pembentukkan partai-partai politik yang berbasis di Aceh yang memenuhi persyaratan nasional”.
Atas dasar inilah masyarakat Aceh tidak mau kehilangan masa depan mereka yang demokratis, adil dan bermartabat di bawah payung kepastian hukum dengan perumusan ekonomi yang memihak kepada rakyat Aceh secara khusus dan seluruh tanah air secara umum. Para pihak bertekat untuk menciptakan kondisi sehingga pemerintah rakyat Aceh dapat diwujudkan melalui suatu proses yang demokratis dan adil dalam negara kesatuan dan konstitusi Republik Indonesia.
Untuk menjamin perdamaian yang hakiki dan bermartabat serta dapat membangun masa depan Aceh dan mengukuhkan Negara Kesatuan Republik Indonesia adalah melalui proses demokrasi dengan partai politik lokal berdasarkan perjanjian Memorendum of Understanding (MoU) Helsinki.
Pimpinan Politik Gerakan Aceh Merdeka (GAM) Malik Mahmud memberikan surat mandat kepada Tgk Yahya Mu’ad, SH atau disebut juga Muhammad Yahya Mu’ad, SH untuk terbentuknya partai politik lokal (Partai GAM) pada tanggal 19 Februari 2007. Partai GAM berdiri dengan akta notaris H. Nasrullah, SH akta notaris 07 pada tanggal 7 Juni 2007 dengan pendaftaran Kanwilkum dan HAM dengan nomor : WI.UM. 08 06-01.[4]
Kantor sekretariat pertama Dewan Pimpinan Aceh Partai GAM berada pada jalan Tgk. Imuem Lueng Bata No. 48 Banda Aceh. Walaupun secara undang-undang peraturan pemerintah secara masalah bintang bulan tidak bertentangan, pemerintah pusat melihat tidak sesuai dengan kebijakan pemerintah. Bersamaan dengan itu, maka lahirlah Peraturan Pemerintah nomor 77 tahun 2007 tentang lambang Partai yang seharusnya ada.
Pada surat KANWILDEPKUM dan HAM Aceh menyatakan bahwa untuk Partai GAM harus ada kepanjangan atau akronim dan dipindahkan bulan bintang. Jika tidak diubah, maka tidak boleh diverifikasi untuk sah sebagai badan hukum oleh Kakanwil Hukum dan HAM Provinsi Aceh. Sebab itulah Partai GAM berubah dan mempunyai kepanjangan Partai Gerakan Aceh Mandiri (GAM), dan juga diverifikasikan oleh Kakanwil Hukum dan HAM pada tanggal 3 sampai dengan 24 April 2008.
Kemudian atas dasar persyaratan nasional tertulis dalam poin 1.2.1 MoU Helsinki, dengan kebijakan Pemerintah agar tidak menggunakan nama GAM. Sebab itulah pihak Kanwilkum dan HAM menyurati Partai Gerakan Aceh Mandiri untuk mengubah lagi namanya.
Pada tanggal 6 dan 7 April 2008 diadakan rapat antara Republik Indonesia (RI) dan Gerakan Aceh Merdeka (GAM) serta CMI yang difasilitasi oleh IPI Interpeace di Jakarta. Kemudian pada tanggal 8 April 2008, Wakil Presiden Muhammad Jusuf Kalla dengan Meuntroe Malik Mahmud membuat kepastian hukum untuk berdirinya Partai Aceh. Setelah itu rekrutmen calon legislatif dari Partai Aceh terus dilakukan dalam reformasi demokrasi di Aceh.
Seterusnya Partai Aceh mengadakan kampanye dengan mengutamakan implementasi MoU Helsinki dan Pimpinan Partai Aceh tidak ada yang mencalonkan dirinya sebagai calon legislatif. Dengan itu Partai Aceh berkomitmen untuk membangun Aceh secara khusus dan membangun Indonesia secara umum serta menjaga kesatuan dan persatuan seluruh tanah air
semoga partai aceh bisa menyambung lidah rakyat aceh untuk kesinambungan kemajuan dan kesjahteraan aceh masa depan,generasi harus ikut andil memelihara partai aceh,karna kecintaan kepada partai aceh juga bukti kecintaan kita terhadap partai aceh
Partai memenangkan 46,91% suara di provinsi Aceh, mencakup sebagian besar kursi parlemen di Aceh dari 69 kursi di legislatif provinsi.[7][8]
Pemilu 2014
Partai Aceh memperebutkan kursi pada Pemilu 2014. Meskipun dengan optimis mengklaim akan memenangkan 60-70% suara selama kampanye pemilihan, pemungutan suara turun tajam menjadi 35,3%, meskipun ini cukup untuk pluralitas. Salah satu alasan penurunan suara adalah konflik partai internal yang terjadi sejak Februari 2011, yang menyebabkan beberapa anggota Partai Aceh berangkat untuk membentuk Partai Nasional Aceh. Partai Aceh memenangkan 29 dari 100 kursi di legislatif provinsi