Benih nanas MD2 merupakan perkara asas terpenting didalam pembangunan nanas MD2 di negara kita. Ini kerana input benih nanas MD2 merupakan komponen paling tinggi didalam penanaman nanas ini kerana purata harga benih nans MD2 adalah sekitar RM1.50 satu sulur yang iaitu benih yang mengikut piawaian SIRIM.
Jika satu ekar keperluan benih adalah sebanyak 20,000 sulur bermakna kos benih sahaja adalah sekitar RM 30,000 dan jika 7 ekar diperlukan sebanyak 140,000 benih sulur dengan jumlah kos benih sebanyak RM210,000.
Ia membebankan pengusaha kerana modal yang tinggi perlu dicari dalam mulakan tanaman nanas MD2 selain daripada kos pembangunan dan kos untuk penyediaan ladang. Benih MD2 juga tidak mudah untuk mendapatkannya kerana hanya ladang nanas MD2 yang ada sijil Skim Pengesahan Bahan Tanaman (SPBT) sahaja yang boleh dijadikan sumber benih nanas MD2.
Penggunaan benih kultur tisu untuk nanas MD2 memang tidak digalakkan penanamannya kerasa masaalah variasi somaklonal. Variasi somaklonal (somaclonal variation) ini daripada pengamatan LPNM dan Jabatan Pertanian menyebabkan ada berlaku kelainan pokok dan buah apabila pokok dewasa yang beoleh menjejaskan keseluruhan industri nanas premium MD2.
Ianya seperti bentuk buah tidak silindrical, lidas, tidak manis dan daun pokok berduri serta lain ciri-ciri MD2 yang tidak dikehendakki. Benih untuk projek ini dibekalkan oleh LPNM darii pembekal yang berdaftar dan ada sijil SBT secara berperingkat-peringat untuk penanaman.
KSU dan KP nanas memeriksa kualiti benih nanas MD2 diladang ini yang diuruskan dengan baik sebelum ditanam